Det nye universitetshospital er finansieret af Kvalitetsfondsmidler. Det betyder, at der er en række krav til økonomistyring og aflæggelse af regnskab til såvel politisk som administrativt niveau, som varetages af kontoret.
Kontoret arbejder også med økonomistyring af samt kvalitetssikring af økonomi i relation til de øvrige anlægsprojekter i regionen herunder Specialsektor, Regionshospital Vendsyssel og Psykiatribyggeriet i Aalborg Øst.
I kontorets opgaveportefølje ligger også bevillingsansøgninger til Regionsrådet, anlægsbudgetter, fakturabehandling, udarbejdelse af anlægsregnskaber samt opfølgning på afdelingens drifts- og lønbudget og diverse HR opgaver.